当时，年幼的超梦在充满培养液的装置中沉睡，黑暗中不断思考着自我存在意义的问题，例如“这里是何处？我是谁？是谁带我来此？”外面的研究员们对它的沉睡感到惊奇，他们好奇为什么这个复制宝可梦还没觉醒。超梦捕捉到了他们的议论，却无法理解他们的语言。htＴΡδ://ＷwＷ.ЪǐＱiＫǔ.йēＴ

此时，超梦突然听到了一个女孩的声音，她告诉超梦那是人类的语言。女孩现身在它面前后，超梦询问她的身份，得知她是人类。超梦进而询问自己是否也是人类，她却回答说超梦可能是人类，也可能是她的宝可梦。这个回答让超梦再次陷入困惑，让他无法确定自己的身份。

女孩安慰超梦，无论它是什么都不重要，因为包括她和这里的宝可梦在内，他们都是原型的分身，而她则是小爱的分身“小爱2号”。

富士博士和研究员们通过监测发现超梦和小爱2号正在交流。富士博士试图通过制造最强的宝可梦来探索其生命力的秘密，并赋予小爱2号真正的生命。

小爱2号向超梦以及小火龙二、杰尼龟二和妙蛙种子二展示了小爱记忆中的故乡，带它们感受了太阳、风、月亮和星星的魅力。然而，就在此刻，小火龙二的身体突然消失，接着杰尼龟二、妙蛙种子二和小爱2号的身体也渐渐消失。

超梦对小爱2号的消失感到惶恐，小爱2号向它告别时眼中泛起泪光。超梦不解，小爱2号告诉它那是眼泪，并向它表示感谢，然后彻底消失。

超梦因悲伤而释放出强大的能量，富士博士赶紧下令为它注射镇定剂，超梦的脑电波才得以恢复正常，重新进入睡眠状态。在沉睡中，超梦忘记了失去的小爱2号和复制宝可梦的一切。

直到此刻，超梦仍被众多心结困扰，为寻求内心的答案，对外界世界的渴望已达到极限。于是，它破坏了禁锢它的设施，从富士博士口中得知了自己的名字及身世后，愤怒地破坏了整座实验室。在此过程中，超梦偶尔能回忆起那些记忆中未曾出现的事物。它常常浮现梦幻的身影，挥之不去那个有人飞翔的地方。

此时，坂木乘直升机赶到，游说超梦与他联手，将世界掌控在手中，并建议它控制力量，以防止世界被其力量摧毁。超梦接受了坂木的提议，随他来到常青市。坂木为它穿上装甲，让它不断战斗。期间，它不仅击败了众多挑战常青道馆的训练家，还协助火箭队收服了大量的野生宝可梦。然而，这些经历并未解开它的心结，反而使其更加困惑自己所为。一次，在击败