管辖东厂的，东厂一切都要配合锦衣卫行事。

但是因为东厂主皇宫内，锦衣卫主皇宫之外，在太宗其后的一任东厂督主与皇帝仁宣两任皇帝的的关系十分密切，又身处皇宫大内，得到皇帝的信任。东厂和锦衣卫的关系，就在这位督主中逐渐由平级变成了上下级关系，在宦官权倾朝野的年代，锦衣卫指挥使见了东厂厂主甚至要下跪叩头，此时东厂的权力已经在锦衣卫上了。

明宪宗时为加强朝廷的特务统治，于成化十三年于东厂之外增设西厂，用太监为提督，其权力超过东厂，人员为东厂一倍之多，其活动范围自京师遍及各地。后因遭大臣的强烈反对，汪直权力太大进而意欲谋反而不得不撤销。