耿仲明部撤到杨庭河北岸时，尚有帅标亲卫300余人、徐得功部300余人、宋国辅部850余人、陈绍宗部800余人，但最终能逃回宁海州城的仅有不足400人，因此第一次威海卫保卫战，可以用明军全胜、清军惨败来做结论。

虽说耿仲明在宁海州城里还有8000多兵马可用，像第一次威海卫保卫战这样的战斗，还能再打上两次，但丢到了手中最精锐、最能打的营头后，耿部实际上已经失去了继续进攻的能力，没有一段时间的整训和以战代练是恢复不了元气的。

如果仅仅是部队元气大伤也就罢了，假以时日总能恢复的，然而逃到宁海州的耿仲明的身体也出了问题----耿仲明在杨庭河夜战中手臂挨了一发铳弹，不但造成了粉碎性骨折，而且因为处置不及时，所以造成了**留置体内，因此回到宁海州没多久，就高烧不退了----由于当时并没有绝对有效治疗铅毒的方子，故此，徐得功、陈绍宗等耿部大将就只能眼睁睁的看着耿仲明走向死亡。

耿仲明都快要死了，耿部自然要镇之以静的----1646年四月二十日，徐得功等以耿仲明的名义向清廷上了遗表，请求清廷允许耿仲明的长子耿继茂继承王爵、牛录及耿部的兵权，而在上述遗表获得清廷同意前，耿部便以粮饷不足的名义，滞留在了宁海州一线，听任勇士营在威海卫大肆修建堡寨，也听任文登县城、莱阳县城及成山卫、靖海卫、大嵩卫等卫所继续尊奉明廷号令、高举大明旗帜----由此，登莱战场陷入了诡异的平静之中。

登莱战场陷入了不战不和的状态，但青州及济南方向的反清斗争却因为耿部的撤离而重新高涨起来，对此，济尔哈朗只能选派身兼汉军正红旗、镶红旗两旗固山额真的王世选统帅5000兵马增援济南和青州方向······

1645年（清顺治二年）初，山西教民张四、李二、邢四、蔡羽、李一梅等人，以皇天清净善友会组织名义联络民众，假借持斋事佛，暗中组织反清起义，虽然该起义在当年就被清军残酷镇压了，但余党依旧在山西活动，并且活动范围还从朔州一地，扩大到了晋中、上党等地；进而导致了清廷对其等更加严厉的查禁和迫害。

进入1646年后，被迫从晋中撤出的皇天清净善友会成员孟三、艾一、侯二、侯四等人跑到了山西交城和文水一带，与活跃在当地的土寇张判子、千金刘等汇合，遂于当年三月在交城水峪关举行了反清武装起义，并于三月二十日，击败了交城县城派去镇压的500绿营。Ｍ.