也正是嘉庆七年之末，七年的白莲教战争开始进入尾声，这时白莲教领袖苟文明、龚其尧、樊人杰等人，或被清军击杀，或被擒获，主要的白莲教各部都被清廷剿灭，只剩下若干小股余党尚在抵抗。因此嘉庆宣布，白莲教之战已经结束，对文武百官大加封赏。阮元在浙江虽未参与此战，但多年供应前线军饷，同样有功，故嘉庆诏阮元次年入京觐见，到时候另有赏赐。

只是这个冬天，阮元也有些许遗憾之处。在杭州与自己共事三年的布政使刘烒，因治绩斐然，得以升迁侍郎，便与阮元告别，北上京城去了。王昶见阮元已然精通庶政，诂经精舍也已渐有成效，加上年事已高，便也辞别了阮元，回到苏州养老。一时之间，阮元的左膀右臂离开了不少，所幸接任刘烒的布政使清安泰为人勤勉，颇有才干，浙江越来越多的学者文人听闻诂经精舍之名，或毛遂自荐前往主讲，或主动求学其间，为**学之事，并未因旧人的离去而出现衰退。