朱由榔事实上就是在效仿近代军队的指挥架构，把军权分为三个部分。

兵部虽然权力大减，只能做些打杂的活，但手中依旧有三个关键权利，其一，征兵权，这是为了削弱军中的地方主义和宗族主义，军官能指挥部队，但不能挑选控制兵源。

其二，退役安置，如此，军人的退役待遇不再由直属的将领安置，而是由朝廷统一安置，既能防范某些人喝兵血，也能让军人明白自己的待遇是谁给的。

其三，军饷、军资审计，这项权柄最大，所谓审计不是说由兵部发饷，发饷工作肯定还是枢密院和都督府负责，而是查账！每年军费预算花在哪？花了多少？枢密院和各地都督府都得给兵部一个说法。

相当于后世的国防部。

而枢密院的建立，毫无疑问，就是奔着总参谋部去的，很多人误解参谋部，以为就是个幕僚机构，出出主意罢了，其实不然。

总参谋部总管军队的编制、人员调动、日常训练等等几乎所有非战时的军队事务，是一支军队的“大管家”，也就是所谓的“统兵权”。

至于剩下的都督府，事实上就是具体指挥战争的司令部了。

如此，达到兵部（国防部，军事政务与审计机关）、枢密院（总参谋部，军事建设与领导机关）、大都督府和各军都督府（总司令部和战区司令部，军事指挥机关），三权分立，三个机构除了兵部会有部分文官参与，其余全部由军官构成。