到了万历二十年，哱拜在宁夏反叛，御史梅国桢上奏，请求朝廷重新起用李成梁，但给事中王德完坚决认为不可，于是这事儿就被搁置了。这样，李成梁失去了参加宁夏之役的机会。

但万历帝却又派他的长子李如松为总兵，参加平定哱拜之乱，如此一来，李成梁虽然失去了立功起复的机会，但李如松因此成了新一代的名将。同时李成梁之前麾下所率领的战将们也先后被重用。他的手下李平胡、李宁、李兴、秦得倚、孙守廉等人都获得富贵，都成为主宰一地的重将。

而自从李成梁离开辽东之后，辽东十年之间更易了八位主帅，辽东的边防一步步废弛，为努尔哈赤的崛起提供了客观条件。

万历二十九年八月，辽东总兵马林因为与税使高淮争执，被弹劾而获罪。大学士沈一贯上书说李成梁虽老，还可以继续带兵。于是朝廷命李成梁再镇辽东。

此时的李成梁，已经七十六岁高龄了。然而这个时候，辽东所面对蒙古左翼的土蛮、长昂以及把兔儿等都已经离世，蒙古人的入寇已经很少了。而开原、抚顺、广宁之前又开马、木等市，女真诸部为了获取利润，都相当恭顺臣服。

这对朝廷是好事，对李成梁却是坏事，因为在他的思维中，“狡兔死，走狗烹”，边境若是稳定了，蒙古人和女真人都老实跪下叫大明爸爸了，那还要他这条走狗有什么用？

于是为了彻底破坏掉大明与其他蒙古、女真的联合可能，他实行暴力征伐，先是对泰宁部速把亥，然后是叶赫女真等先后实行打击。而这一时期，努尔哈赤已经统一了建州女真，正一步步蚕食海西女真，力量不断壮大起来，李成梁为了培养敌人，故意视而不见。

万历初年时，李成梁曾建议建立宽甸六堡，到了万历中后期，六堡已经有六万四千余户，大明在辽东东部的实力明显加强，对建州女真拥有足够的威慑力，这是他早年还站在大明立场上做的正确决策。

但到了万历三十四年，李成梁为了养寇自重，竟然以宽甸六堡孤悬于外、很难守住为由，舍弃了六堡，将那里的六万四千余户居民迁移到内地，当地居民依恋家室不想离开，李成梁更以大军驱赶他们，甚至造成很多流血事件，死伤众多，为此他再次受到大量弹劾，万历三十六年，李成梁再次被劾罢。

熊廷弼守辽东时，曾经明确的说李成梁罪可至死。然而，朱翊钧仍然没有杀他，只是“解任”，而不夺命。<