弼提出了整顿军纪，实内固外，以夷制夷的主张。而在任期的三年里，他也是这么执行下去的。

辽东疆域先后修建起了七百多里的城墙和大批的城池墩台，高高筑起了一道防线。大片荒地被开垦出来并种上了作物，辽东的粮食收成每年达到了上百万石之多，于军于民都是功德。

由于熊廷弼深知此时辽东明军因为援朝抗倭等战争的损耗，实力已然大不如前，因此他主张军队以守为主，得到了整肃军纪，提高战力，保存实力的机会，整体力量得以缓慢恢复。

在这样的情况下，哪怕是有着枭雄之志的努尔哈赤，也不得不重新审视自己的计划，转而蛰伏了起来。

万历三十九年，熊廷弼在辽东的任期期满，奉命改差南直隶督学。然而就是在这之后，熊廷弼与东林党多起纷争——这不奇怪，督学南直隶嘛，跑去人家地盘上了。

就任南直督学期间，熊廷弼因“所拔皆名士，所进皆寒微，所黜皆是乡绅津要子弟而东林弟子居多”，而越发得罪了东林党，至此深陷党争，难以脱身。

不久后，纪律严明又脾气暴躁的熊廷弼因为棒打生员致死，被东林党人抓住了把柄。在遭到弹劾后，他立刻被撤去了官职，只能居家赋闲多年。

而这个时候，已经建立后金政权的努尔哈赤就趁机在辽东发起了“萨尔浒之战”。代替熊廷弼镇守辽东的杨镐率领十二万明军与努尔哈赤的八旗军展开了厮杀，却因为众所周知的那些原因，落得了惨败的结果。

自此之后，大明一再丢失原有优势，变得被动了起来。随着事态发展越来越糟糕，“收拾辽东残局”已然成为大明官员避之不及的烫手山芋。

在这种情况下，赋闲在家多年的熊廷弼终于被想了起来，接到了起复的命令。救国心切的熊廷弼没有去权衡其中的利弊，在接到“辽东经略”的任命后，他带病昼夜兼驰二百余里，赶到了辽东。

为了整肃军纪，振奋军心，安定人心，尽快恢复辽东的军事防御能力，应对敌袭，熊廷弼在朱翊钧的支持下，开始在辽东进行了大刀阔斧的军事改革。

他先是向朝廷请示，征调来了各地的部分精锐明军和物资，解决了最紧张的问题。后又亲赴辽东各个重镇巡视，给辽东原本的军民打了一剂强心针。而曾经临阵脱逃和贪赃枉法的将领也被他处死，取而代之的是一批表现相对优秀的将领。